1. Pemisahan Bagian Buah
Setelah buah-buah pala masak dikumpulkan, buah yang sudah masak dibelah dan antara daging buah, fuli dan bijinya dipisahkan. Setiap bagian buah pala tersebut ditaruh pada wadah yang kondisinya bersih dan kering. Biji-biji yang terkumpul perlu disortir dan dipilah-pilahkan menjadi 3 macam yaitu: (1) yang gemuk dan utuh; (2) yang kurus atau keriput; dan (3) yang cacat.
2. Pengeringan Biji
Biji pala yang diperoleh dari proses ke-I tersebut segera dijemur untuk menghindari serangan hama dan penyakit. Biji dijemur dengan panas matahari pada lantai jemur/tempat lainnya. Pengeringan yang terlalu cepat dengan panas yang lebih tinggi akan mengakibatkan biji pala pecah. Biji pala yang telah kering ditandai dengan terlepas bagian kulit biji (cangkang), jika digolongkan akan kocak dan kadar airnya sebesar 8–10 %.
Biji-biji pala yang sudah kering, kemudian dipukul dengan kayu supaya kulit buijinya pecah dan terpisah dengan isi biji. Isi biji yang telah keluar dari cangkangnya tersebut disortir berdasarkan ukuran besar kecilnya isi biji:
a) Besar: dalam 1 kg terdapat 120 butir isi biji.
b) Sedang: dalam 1 kg terdapat sekitar 150 butir isi biji.
c) Kecil: dalam 1 kg terdapat sekitar 200 butir isi biji.
Isi biji yang sudah kering, kemudian dilakukan pengapuran. Pengapuran biji pala yang banyak dilakukan adalah pengapuran secara basah, yaitu:
a) Kapur yang sudah disaring sampai lembut dibuat larutan kapur dalam bak besar/bejana (seperti yang digunakan untuk mengapur atau melabur dinding/tembok).
b) Isi biji pala ditaruh dalam keranjang kecil dan dicelupkan dalam larutan kapur sampai 2–3 kali dengan digoyang-goyangkan demikian rupa sehingga air kapur menyentuh semua isi biji.
c) Selanjutnya isi biji itu diletakkan menjadi tumpukan dalam gudang untuk dianginanginkan sampai kering.
Setelah proses pengapuran perlu diadakan pemeriksaaan terakhir untuk mencegah kemungkinan biji-biji pala tersebut cacat, misalnya pecah yang sebelumnya tidak diketahui.
Pengawetan biji pala juga dapat dilakukan dengan teknologi baru, yakni dengan fumigasi dengan menggunakan zat metil bromida (CH3 B1) atau karbon bisulfida (CS2)
3. Pengeringan Bunga Pala (Fuli)
Fuli dijemur pada panas matahari secara perlahan-lahan selama beberapa jam, kemudian diangin-anginkan. Hal ini dilakukan berulang-ulang sampai fuli itu kering. Warna fuli yang semula merah cerah, setelah dikeringkan menjadi merah tua dan akhirnya menjadi jingga. Dengan pengeringan seperti ini dapat menghasilkan fuli yang kenyal (tidak rapuh) dan berkualitas tinggi sehingga nilai ekonomisnya pun tinggi pula.
4. Pemecahan Tempurung Biji
Pemecahan tempurung biji pala dapat dilakukan dengan 2 cara, yaitu:
a) Dengan tenaga manusia
Cara memecah tempurung dari biji pala dilakukan dengan cara memukulnya dengan kayu sampai tempurung tersebut pecah. Cara memecah tempurung biji pala memerlukan keterampilan khusus, sebab kalau tidak isi biji akan banyak yang rusak (pecah) sehingga kulitasnya turun.
b) Dengan mesin
Cara ini banyak digunakan petani pala. Secara sederhana dapat diterangkan bahwa mekanisme kerja dan alat ini sama dengan yang dilakukan oleh manusia, yakni bagian tertentu dari mesin menghancurkan kulit buah pala sehingga yang
tinggal adalah isi bijinya. Keuntungan dari penggunaan mesin adalah tenaga, waktu dan biaya operasionalnya dapat ditekan. Disamping itu kerusakan mekanis dari isi biji juga lebih kecil.
