1. Hama
Ulat diaphania caesalis yaitu penggerek pucuk, membuat terowongan sampai ke kuncup, pucuk muda, dan buah. Pemotongan bagian yang terserang memutuskan daun hidupnya karena ulat-ulat ini akan menjadi pupa di dalam terowongan itu; buah dilindungi dengan dibungkus atau disemprot insektisida Thiodan 35 EC. Penggerak kulit batang; berupa ulat-ulat Indarbela tetraonis dan Batocera rufomaculata diberantas dengan mengasap lubang-lubang mereka/disemprot dengan insektisida sistemik yang mengandung bahan aktif karboril (Sevin 85 S). Kumbang-kumbang
belalai (weevil) coklat yang menyerang kuncup, Ochyromera artocarpi, merupakan hama nangka yang khas. Tempayaknya (grubs) masuk ke dalam kuncup dan buah yang masih lunak, yang dewasa memakan daun. Bagian tanaman yang terserang
dihancurkan, dan diperlukan insektisida. Menyeruaknya kumbang bersayap selaput (spittle bug), Cosmoscarata relata, memakan daun muda. Nimfa hidup bersamasama dalam suatu massa busa yang disekresi oleh mereka ; nimfa dipungut dan dihancurkan. Larva lalat buah , Dacus dorsalis dan D. umbrosus sering menyerang buah. Untuk menghindari serangannya, buah nangka hendaknya dibungkus; buah yang matang atau kelewat matang jangan dibiarkan bergeletakkan di tanah, tetapi hendaknya dikubur-kubur dalam, dan penyemnprotan pada umpan dapat dilakukan.
Hama-hama lainnya adalah bermacam-macam serangga pengisap, seperti kutu tepung, afid, lalat putih, dan ‘thrips’, juga ulat perekat daun (leaf webber). Hama nangka yang lain adalah kepik Helopeltis (Miridae,Hemiptera). Nimfa dan kepik dewasa menghisap cairan bagian tanaman yang masih muda (daun dan buah). Ukuran telurnya 1,5 m, diletakkan dengan cara ditusukkan pada jaringan tanaman. Masa inkubasi 5-7 hari. Nimfa dan kepik dewasa warnanya bervariasi, hijau atau kuning-kehitaman dan kuning oranye. Mengalami 5 kali masa instar. Kepik dewasa panjangnya berkisar 6,5-7,5 mm dengan kemampuan bertelur sampai 18 butir. Beberapa musuh alami diantaranya yang berupa parasit adalah Euphorus helopeltis, Erythmelus helopeltis dan sebagai predator adalah Sycanus leucomesus, Isyndrus sp. dan Cosmolestes picticeps. Untuk pengendaliannya populasi biasanya terkendali oleh musuh alam apabila populasi tinggi dapat dilakukan dengan insektisida misal Lannate 25 WP, Atabron 50EC.
2. Penyakit
Bakteri mati bujang (Erwinia carotovora) sering menyerang pohon nangka, juga cempedak. Jamur tersebut pertama kali menyerang bagian pucuk dan turun pada tajuk berikutnya. serangan yang hebat dapat mematikan pohonnya. Di India dilaporakan serangan busuk akar dan busuk batang dilakukan oleh jamur Rhizopus artocarpi yang menyebabkan keruguian tanaman hingga 15-30 %. Jamur ini umunya meyerang tunas bunga. Beberapa penyakit yang cukup penting antara lkain Colletotrichum lagenarium, Phomopsis artocarpina, Septoria artocarpi, dan Corticium salmonicolor. Jamur tersebut kebanyakan menyerang pada musim penghujan. Pemotongan bagian tanaman yang terserang akan banyak membantun mengatasi serangan, di samping itu sanitasi kebun dan pemupukan dapat meningkatkan
kesehatan tanaman.
